一些教师认为，综合实践活动课程就是开展各种活动，只要学生有活动，如讲故事，看图书，上网等，将一些活动简单地拼凑在一起，就算开展了综合实践活动。甚至有的教师把学校里开展的所有活动，如学科的综合学习活动、课外活动、兴趣小组活动、班队活动、节假日活动等，皆视为综合实践活动课程。显然，综合实践活动课程是以活动为主要开展形式，但它强调学生亲身经历，要求学生积极参与到各项活动中去，在“做”“考察”“实验”“探究”等一系列的活动中发现和解决问题，体验和感受生活，发展实践能力和创新能力。因此，综合实践活动课程不是一般的活动课程，不能把它简单地看作组织学生跑跑腿、动动手、开开口、填填表。否则将综合实践活动课程停留在浅层次的活动层面上，或简单地形式化，它就不能独立成为一种课程形态。所以必须把握好综合实践活动与学科的综合学习活动、校外课外活动、兴趣小组活动、班队活动以及学校其他活动课程的联系与区别。如要注意以下三点：
1、综合实践活动课程不是学科的综合学习活动。首先，两者在活动目标层次上有区别。综合学习活动的目标要低于综合实践活动。学科的综合学习活动是为了更好地完成学科内容的教学，它服务学科内容。如数学的综合学习活动，是以完成数学学科的任务为目的，学习方式是各种数学知识的综合，它姓“数”；而综合实践活动要与各学科知识打通，在综合中产生问题，目标涉及了多元的发展领域，其中态度、情感、技能的发展尤为突出。其次，两者在活动计划上有差异。学科的综合学习活动的计划性要弱于综合实践活动。综合实践活动课程的开发、实施、管理首先要有较强的计划性。一般学校学期初先要制定“学校综合实践活动计划”，以它为指导，制定“年级综合实践活动计划”、“班级综合实践活动计划”；而学科的综合学习活动很难在学期初就设计好，它往往是学科教师在教学过程中，根据当时的需要而临时组织的活动。
2、综合实践活动课程不是兴趣小组活动。显然，综合实践活动课程与兴趣小组活动有相同之处，如综合运用所学知识的活动，具有很强的实践性、自主性、创造性、和非学科性。但兴趣小组活动是根据学生兴趣和特长开展的，是一种非全员性的活动，应属于活动课程的范畴；而综合实践活动课程，人人参与，是一种全员性的活动，不属于一般的活动课程。
3、综合实践活动课程不是一般的课外活动。一般的课外活动随意性较大，不属于正式课程。综合实践活动课程是国家规定的正式课程，它有目的、有计划、克服了课外活动的随意性，并且作为一种独立的课程形态具有一般课外活动所没有的评价环节。它与学科课程同样发挥着整体的育人功能，其效能比课外活动要大得多。
综合实践活动课程不是一般的活动课程。上个世纪九十年代初，我国的课程分为必修课程、选修课程和活动课程三种。当时活动课程在学校课程体系中却被定位于“作为学科课程的辅助部分”，沦为学科课程的附庸。这次新一轮基础课程改革中增设的综合实践活动课程，虽然从活动课程基础上发展而来的，但它不再是学科课程的附庸，而是一种独立的课程形态。它涵盖了研究性学习、社区服务和社会实践、劳动与技术教育以及信息技术教育四个领域，并且它是一种从小学到高中都开设的必修课程。因此综合实践活动课程是对原有的活动课程的超越，是活动课程的发展和深化。必须指出，虽然综合实践活动课程不是单纯的活动课程，但两者并不存在不可逾越的鸿沟。一些活动也能转化为综合实践活动，如某些班队活动，要是在“问题的产生——计划的制定——活动开展——交流展示”整个阶段，全从学生的需要出发，让学生说了算，并在实施过程中体现了整体性、实践性、开放性、生成性、自主性，突出了学生的体验、感受，这样的活动也可认为是综合实践活动课程。